劳动者不承认劳动关系时，可以通过申请劳动仲裁来确认双方是否存在劳动关系。在申请劳动仲裁的过程中，劳动者可以参照一系列凭证来证明双方存在劳动关系，这些凭证包括工资支付凭证或记录、社会保险费的缴纳记录等。此外，如果用人单位与劳动者对双方之间存在劳动关系的事实均予认可，则无需法院确认。